Le territoire du Kirghizistan actuel a été conquis par un grand nombre de peuples différents, de nombreuses troupes comme celle de Gengis Khan ont traversées la région.
Le premier peuple s'y est installé il y a des milliers d'années. Les inscriptions sur pierre datent de 5000 ans et la ville d'Och est âgée de 3000 ans. Le peuple nomade est l'un des plus ancien d'Asie Centrale. Il arriva il y a environ 2000 ans. Ils se dirigeaient vers le Sud, à partir de la région Sibérienne de l'Ienisseï et formèrent le khanat à la fin du premier millénaire.
Durant le 6ème siècle, le khanat de Karakhanide a été fondé, composé de tribus turques. L'une des villes les plus importantes était celle de Balasagun, dont on peut encore visiter la tour"Bourana" à une heure à peine de Bichkek. Au 13ème siècle, l'Empire a été défait par Gengis Khan qui établit alors le Khanat Mongol. Après la mort du puissant Empereur Mongole le khanat s'est scindé en petites unités. La région qui forme l'Ouzbékistan actuel faisait alors partie du khanat de Chagatai. Par la suite, il a été transformé en khanat de Kokand, dominé par les ouzbeks, mais après une révolte dans les années 1873-1874, la région devint une partie de l'Empire russe. Enfin, après la révolution d'Octobre, elle intégra l'Union soviétique, en devenant en 1936 l'une des 16 Républiques Soviétiques. 

En 1991, le pays obtint son indépendance et se nomme depuis lors République du Kirghizistan.